一心习武梦想名震江湖的李逍遥(胡歌饰)，为求灵丹妙药救助忽患怪病相依为命的李大婶上了仙岛，在机缘巧合下结识神秘少女赵灵儿(刘亦菲饰)。
两人情投意合当日就成婚，并许诺永不相忘。
遥带着金丹离岛救婶婶，却被骗服下“忘忧散”，把与灵儿的一切全部忘记！
已身怀有孕的灵儿深受打击，又发现自己是“大地之母”女娲后人的真相，有着拯救苍生的使命只好忍痛放下私人感情！
逍遥在行走江湖的途中结识了刘晋元及其外刚内柔的表妹妹林月如(安以轩饰)，并渐渐和这个欢喜冤家产生了情愫。
仙剑奇侠传九八版，尚书府后山，酒剑仙杀死蜘蛛妖，彩依用内丹救活晋元，酒剑仙带李逍遥和林月如飞到蜀山，见过蜀山掌门后在杂物房见到玉佛珠，得知赵灵儿被押在锁妖塔内，再次与掌门理论后决定一闯锁妖塔救赵灵儿，酒剑仙传给李逍遥几个绝技后，李逍遥和林月如一起进锁妖塔。
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第一部分是金庸武侠宇宙原著的剧情，会带给玩家丰厚的武功和宝藏奖励。
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第二部分是汉家松鼠原创的黑衣军团主线剧情，这条主线会直接影响游戏进程。
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主线剧情进度在本游戏中起到的是时间的作用，会直接决定原著剧情开启与否。
