沉九寨沟喀斯特湖泊水体对可见光的吸收、反射、散射作用具有强烈的波长选择性，即反射光中短波长的蓝绿光比例显著高于长波长的红光，这直接决定人眼所观察到的湖泊颜色。
此外，深度、低浊度的水体也是湖泊呈现蓝绿色的重要原因。
九寨沟喀斯特湖泊颜色也受到水质变化的影响，其中与钙华沉积过程相关联的水质因子、有色可溶性有机物和富营养化对于湖泊颜色的形成和维持至关重要。
