羊卓雍湖是高原堰塞湖，大约亿年前因冰川泥石流堵塞河道而形成，它的形状很不规则，分叉多，湖岸曲折蜿蜒，并附有空姆错、沉错和纠错等3小湖。
历史上曾为外流湖，上述湖连为一体，湖水由墨曲流入雅鲁藏布江，但后来由于湖水退缩成为内流湖，并分为若干小湖，其湖面高度相差不过6.5米。
